Współorganizował działalność wydawniczą, był autorem, redaktorem, drukarzem ulotek i wydawnictw SKS. Od 1980 roku działał w NSZZ „Solidarność”. Pierwsza siedziba Międzyzakładowego Komitetu Założycielskiego NSZZ „Solidarność” w Poznaniu mieściła się w mieszkaniu jego rodziców. Był przywódcą strajku studentów UAM w lutym 1981 roku. 13 grudnia 1981 roku został internowany i dopiero po roku zwolniony z Ośrodka Odosobnienia w Kwidzynie.

W latach 1981-1989 był pracownikiem naukowym w Zakładzie Historii Literatury Instytutu Filologii Polskiej UAM. Do 1985 działał w podziemnej Komisji Zakładowej na UAM, był redaktorem i autorem podziemnych pism.

W latach 1988-1992 był korespondentem wiedeńskiego tygodnika „Profil”,  a w latach 1988-1995 członkiem regionalnych i krajowych władz Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich. W 1990 został dyrektorem Ośrodka TVP w Poznaniu i był nim do 1991 roku. Od 1993 do 1995 pracował w Instytucie Kultury Polskiej w Berlinie.

W 1993 roku Jacek Kubiak założył zespół produkcyjny Telenowa, który dotąd wyprodukował około 500 filmów dokumentalnych, reportaży, materiałów edukacyjnych i poradnikowych.

W jego filmach dominują tematy z zakresu historii i sztuki oraz tematyka polsko-niemiecka. Stałym tematem jego dokumentalistyki jest także historia regionalna Wielkopolski. Jest m.in. laureatem 3. nagrody na Festiwalu Filmów Krótkometrażowych w Krakowie w 1991 za film „Obóz: (wspólnie z Markiem Nowakowskim), a także Polsko-Niemieckiej Nagrody Dziennikarskiej za film „Jasnowłosa prowincja” (wspólnie z Klausem Salge, 2010).

Od lat osiemdziesiątych opublikował również szereg prac historyczno-literackich. Zainteresowania badawcze Jacka Kubiaka jako literaturoznawcy skupiają się wokół twórczości Józefa Ignacego Kraszewskiego, biedermeieru i późnego romantyzmu w literaturze polskiej i niemieckiej. Jest doktorem nauk humanistycznych w zakresie literaturoznawstwa.

Współpracuje z Instytutem Pamięci Narodowej, szczególnie w zakresie upamiętniania deportacji obywateli polskich z ziem wcielonych do III Rzeszy. Deportacje te są również tematem wystawy Związku Miast Polskich „Wypędzeni 1939...”, przygotowanej przez zespół pod jego kierownictwem i przy pomocy merytorycznej historyków IPN. Był współredaktorem wydawnictwa albumowego pod tym samym tytułem.

W 2002 roku został odznaczony medalem Zasłużony Działacz Kultury, a w 2006 roku Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. W 2007 roku Towarzystwo im. Hipolita Cegielskiego w Poznaniu uhonorowało go Srebrnym Medalem „Labor Omnia Vincit”, a w 2013 roku wyróżniło godnością Lidera Pracy Organicznej. W 2016 roku został wyróżniony przez Instytut Pamięci Narodowej nagrodą Świadek Historii za „zasługi w upamiętnieniu historii narodu polskiego”. Od roku 2019 kieruje Poznańskim Archiwum Historii Mówionej działającym przy Wydawnictwie Miejskim Posnania.

Tematem żydowskim zajął się w filmie „Jasnowłosa prowincja” oraz w rozpoczętym, lecz nie dokończonym z powodu śmierci bohatera, filmie o Bronku Bergmanie.