Specjalizował się w historii XVI–XVIII wieku akcentując w nich zwłaszcza tematy ustroju, życia wewnętrznego społeczności Żydów w Polsce oraz ich kultury. Był m.in. profesorem  Uniwersytetu Warszawskiego, współtwórcą Instytutu Nauk Judaistycznych w Warszawie. Napisał np. znakomite monografie: Żydzi lwowscy na przełomie XVI i XVII wieku (1906),  Dzieje Żydów w Galicji I Rzeczpospolitej Krakowskiej 1772–1868 (1916), Historia Żydów w Krakowie i na Kazimierzu 1304–1655 (1931), czy studium Z historii Żydów w Polsce (1920).

Przytoczony poniżej tekst Kiedy i skąd przybyli Żydzi do Polski to wykład Bałabana, jaki po obronieniu swojej pracy habilitacyjnej Majer Bałaban wygłosił w 1928 roku na Uniwersytecie Warszawskim. Owo przybywanie Żydów do Polski odbywało się, wg niego, w czterech kolejnych okresach, tak z zachodu jak wschodu, a najbardziej masową była emigracja od drugiej połowy XIII do końca XV wieku, podczas której Żydzi docierali do Wielkopolski i na Śląsk z miast niemieckich, Wiednia i Pragi - przyciągani dodatkowo przez przywileje, które otrzymywali od tutejszych książąt.