Muzeum powstało w 1957 roku z inicjatywy działaczy krotoszyńskiego oddziału PTTK. Pierwszą siedzibą Muzeum był drewniany dom z drugiej połowy XVIII wieku stojący. przy ul. Koźmińskiej. W 1969 roku, staraniem Zarządu Oddziału PTTK, zbiory przeniesiono do barokowego budynku poklasztornego oo. trynitarzy, w którym muzeum funkcjonuje do dzisiaj. Od 1990 roku Muzeum Regionalne nosi imię Hieronima Ławniczaka – zasłużonego regionalisty, nauczyciela i jego wieloletniego kierownika. Od 1999 roku Muzeum funkcjonuje jako samorządowa instytucja kultury.

Muzeum w Krotoszynie posiada bibliotekę regionalną (zawierającą blisko 5500 pozycji) oraz zbiory z zakresu historii, etnografii i sztuki (prawie 6500 eksponatów). Placówka prowadzi działalność wystawienniczą, edukacyjną i wydawniczą.

Datowana na 1722 rok macewa z cmentaża żydowskiego w Krotoszynie - jedyna ocalała w całości.

Wśród posiadanych przez Muzeum judaiców szczególnie cenne są modlitewniki, drukowane w Krotoszynie w połowie XIX stulecia przez znanego żydowskiego drukarza Bara Loebla Monascha. Wśród eksponowanych zabytków znajduje się również pergaminowy zwitek mezuzy oraz opracowanie dr. Heinricha Bergera na temat historii krotoszyńskich Żydów wydane na początku XX wieku.

W muzealnych magazynach znajdują się fragmenty macew ze zniszczonego w okresie okupacji cmentarza żydowskiego, które w późniejszych czasach były wykorzystywane wtórnie w różnych celach. Na parterze muzeum wyeksponowana jest jedyna ocalała w całości macewa z krotoszyńskiego kirkutu, pochodząca z roku 1722.